— La matière organique peut être conservée in situ. C'est le cas des tourbières où les restes végétaux préservés proviennent majoritairement des plantes vivant dans ce milieu aquatique. De vastes aires de sédimentation avec de la biomasse conservée in situ se retrouvent ainsi dans le bassin du Reyran (charbons d'algues), dans le bassin de l'Arc (richesse en algues fossiles), dans les terrains carbonifères de Barles ou du Briançonnais (troncs en position de vie, sols avec des rhizomes et des radicelles). On peut alors parler de charbon autochtone.
— Quand les niveaux de charbon alternent avec des couches sédimentaires terrigènes, on voit apparaître des niveaux de charbon allochtone. Les végétaux arrachés par les crues sont brisés lors du transport par les cours d'eau : on trouve des accumulations de fragments de frondes de fougères ou de troncs couchés. Les galets et les troncs sont orientés dans le sens des courants. Leur accumulation comme dans le milieu actuel (ex : Equateur) correspond à une phase de décrue.