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Des roches calcaires d'âge Jurassique (Tithonien) et Crétacé (Berriasien) constituent l'ossature de la clue. Leur épaisseur au niveau de la Clue de Barles est estimée à environ 300 m. Il s'agit de
calcaires micritiques massifs tithoniens et de
marno-calcaires berriasiens en bancs décimétriques. Les sédiments à l'origine de ces roches se sont déposés en milieu marin relativement profond (présence de silex et de calpionelles dans les calcaires tithoniens) et instable (présence de nombreux indices de glissements sous-marins).